Панофский родился 30 марта 1892 в Ганновере (Германия)

Главный вклад Панофского в науку об искусстве – исследования по иконологии, рассматривавшейся им как «раздел истории искусства, который изучает сюжет или смысл произведения искусства, а не его форму», в котором историк искусства «должен уметь видеть способ, использовавшийся в различных исторических условиях для выражения наиболее важных движений человеческой мысли».
Его научная деятельность началась в университете Фрейбурга, где он в 1910-х гг., изучая право, увлекся древними языками и филологией. В 1915 году защищает докторскую диссертацию, посвященную соотношению теории искусства Дюрера и итальянскому Ренессансу. Эта работа касалась соотношения между формальной теорией искусства и самим авторским художественным исполнением. Панофски считал себя историком культуры и подходил к пластическим искусствам, как к состоянию культуры.